کتاب قلم چی پرتکرار علوم نهم از 4 بخش تشکیل شده است که عبارتند از:

1) درخت دانش
درخت دانش همان درخت یادگیری است. درخت آیینه نمای آن فصل است که در ابندا هر درس آورده شده است و دانش آموزان آنچه که در هر درس باید بیاموزند در یک نگاه می بینند.

2) نکات آموزشی
به گونه ای نوشته شده است که دانش آموز با خواندن آن قادر خواهد بود به تمام سؤالات هر درس پاسخ دهد.
ترتیب ارائه نکات به شکلی است که هر مطلب، مطلب بعدی را آموزش می دهد.

3) سؤال های پرتکرار از مدارس سراسر کشور
سؤال ها از مدارس سراسر کشور جمع آوری شده اند تا دانش آموزان بتوانند با سلیقه های معلمان سراسر کشور آشنا شوند.
سؤال ها بر اساس پیشروی مطالب کتاب درسی به صورت تیپ بندی آمده اند که دانش آموزان را در پیدا کردن مبحث خاص یاری می کند.
تمام مطالب کتاب درسی پوشش داده شده است.
500 سوال امتحانی از مدارس سراسر کشور

4) پاسخ تشریحی جامع
پاسخ به سؤال ها بر اساس نوع آنها سؤال ها (پاسخ کوتاه، جای خال و …) تنظیم شده است.